Відділ перевірок платників основних галузей економіки
Відділ перевірок у сфері матеріального виробництва
Відділ перевірок у сфері торгівлі
Відділ перевірок у сфері послуг
Відділ перевірок інших галузей економіки
Відділ позапланових перевірок ризикових платників та з інших податків
Відділ перевірок з питань відшкодування ПДВ
Відділ аналізу податкової інформації
Відділ фактичних перевірок
Відділ перевірок фінансових операцій
Відділ якості перевірок
Відділ координації, звітності, аналізу, інформаційно-аналітичний